特定口座(源泉徴収あり)でも確定申告すべき?還付と保険料増額の注意点
多くの個人投資家は、証券会社やロボアドバイザーの特定口座(源泉徴収あり)で資産運用をしているのではないでしょうか。
特定口座(源泉徴収あり)では、ETFや投資信託の分配金・譲渡益に対して20.315%(所得税+住民税)が自動的に源泉徴収されます。
そのため、原則として確定申告は不要です。
証券会社が税金の計算・納付まで行ってくれるため、基本的には「何もしなくてもOK」です。
ただし、確定申告すると税金が戻るケースもある
実は、確定申告をすることで
- 所得税が還付される
- 住民税が軽減される
ケースがあります。いわゆる還付申告ですが、注意点もあります。
確定申告をすると、社会保険料が増える可能性があるため、「税金の還付額」と「社会保険料の増額」を必ず比較する必要があります。
分配金・譲渡益の3つの課税方法
分配金や譲渡益の課税方法には、次の3種類があります。
| 納税の方法 | 確定申告 | 所得税・住民税の還付 | 国民健康保険料など |
| 1 総合課税 | 必要 | 還付あり(節税)↓ | 3より増える↑ |
| 2 申告分離課税 | 必要 | 還付あり(節税)↓ | 3より増える↑ |
| 3 源泉徴収による納税(確定申告不要制度) | 不要 | 還付なし | ー |
特定口座(源泉徴収あり)で確定申告をしない場合は、自動的に「3 源泉徴収による納税(確定申告不要制度)」を選択していることになります。
2025年分の試算結果
以下を利用して試算を行いました。
- 確定申告書等作成コーナー
- 住民税税額試算
- 国民健康保険税の税額計算
※国民健康保険料は、2026年4月から適用予定の国民健康保険条例改正案(子ども・子育て支援分を含む)で試算
今回、場合分けは7通りで、確定申告する/しない、総合課税/申告分離課税、2社ともに申告/ウェルスナビのみ申告/Theo(テオ)のみ申告となります。
試算の結果は以下のとおりとなりました。

最も納税額合計が少なくなったのは、ウェルスナビのみ申告分離課税で申告する場合で、確定申告しない場合と比べると約51,000円の節税となりました。
この結果を踏まえて、近日中にe-Taxで確定申告する予定です。
1社分だけ確定申告することは可能?
結論:可能です。
証券会社のQ&Aでも以下の通り明記されています。証券会社のQ&Aで以下の記載がありますので、問題はありません。
- Q:証券会社2社で取引きをしていて2社とも源泉徴収ありの特定口座です。この内1社の取引きのみ申告することはできますか?
- A:申告するかどうかは、特定口座ごとに選択できます。
- <参考URL>:https://faq.sc.mufg.jp/faq/show/2240?category_id=99&site_domain=default
つまり、
- 2社ともに申告する
- 1社のみ申告する
- 2社ともに申告しない
いずれも選択可能です。
まとめ
特定口座(源泉徴収あり)は確定申告不要ですが、
- 還付の可能性
- 社会保険料の増額
- どの口座を申告するか
を試算したうえで判断することが重要です。
「確定申告=節税」とは限らないため、必ず申告の前に計算してみましょう。

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